软件学院遵循二级学院的管理模式，但由于自身的特点，致使在用人机制、教学管理、人才培养模式等方面与其他二级学院有很大的差别。
    在用人机制上，由三部分构成，即学校职工调入、课程聘任教师、合同制人员。其中，核心管理人员和高层次教师由学校职工构成，是软件学院教师队伍的主体，他们具有硕士学位和丰富的科研经验，承担着主要的教学任务；课程聘任教师是从社会的IT企业和研究院所聘请兼职教师，他们有丰富的实用技能和生产经验，为学院的高职教学带来了新的内容，特别在“产学研”的结合与实践教学环节的贯彻上起着重要作用；合同制聘任的青年教师，是在计算机及其相关专业的新毕业生中选拔出来的，大多数是学生党员，一部分担任学生辅导员或教学管理工作，另一部分担任实验课教师。
    在教学管理方面，随着学院规模的不断变化，由最初的院级包揽一切，到现在实行的院、系和教学办公室三点管理，形成“立、行、监”三条线：立——建立运行规则、培养计划、教学大纲、规章制度等；行——执行运行规则。按照运行规则办事，完成各项教学任务；监——监督检查各项任务、规则的执行情况。教学办公室要完成包括学籍管理在内的所有教务管理工作。每个教师都负责一个实验室，指导实验并负责实验室管理。
    在人才培养模式方面，结合IT领域蓝领人才的教育特点，学院在办学过程中逐渐脱离了压缩本科的办学思路，树立了培养技能型高级人才的办学理念，明确了高职办学的过程：让学生经过基本的理论教育、验证理论的实验室教育、实训中心的基本技能教育、校外实习基地的职业能力教育。经过这样的四步走，使学生毕业后能够顺利地步入社会，走向自己的工作岗位。为实现和完善“四步”教育，软件学院人通盘考虑、尽心竭力：教学上，他们多次修改教学计划，建立软、硬件基础实验室和一批专业实验室，成立了天设网络和洪博电子两个科技创新中心，并先后与沈阳莱因机电、上海诺诚电气等多家企业共建实习基地。
    开展课外科技活动来丰富学生的羽翼。2004、2005年，在福建星网锐捷网络公司的大力支持下，举办了两届“IT基本技能运动会”；2007年组织了校首届电子制作技能大赛。在近年的全国大学生电子制作大赛、“挑战杯”大赛中都取得了良好成绩。